ナポレオン戦争後ブルボン・フランスが復活したため、多くのフランス植民地はフランスに返還された。西インド諸島のグアドループとマルティニクを始め南米の仏領ギアナ、セネガルの交易拠点、インド洋のレユニオン及びインドのポンディシェリなどである。しかし第二のフランス植民地帝国の真の始まりは1830年から17年間続いたアルジェリアの征服であった。ナポレオン3世はアメリカの南北戦争に乗じてメキシコに保護国を樹立しようとしたが、アメリカ内戦の終結により失敗に終わった。ナポレオン3世はまたサイゴンを首府とするコーチシナを直轄植民地とし、カンボジアも保護国として組み入れた。
フランスの植民地の大部分が獲得されたのは普仏戦争（1870年 - 1871年）後のことである。コーチシナの基地からフランス人は1883年にトンキンとアンナンを獲得し、フランス領インドシナを形成した。1893年にはラオス、1900年には中国南部（清）の広州湾租借地もこれに加えられた。1881年にはチュニジアを保護国としている。
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20世紀始めまでにフランスはアフリカ北部、西部、中部に次第に植民地を拡大していった。この一連の動きをアフリカ横断政策といい、アフリカ西岸から、東岸のジブチまでを接続することを試みた。同時期にイギリス帝国が取ったカイロからケープタウンを結ぶアフリカ縦断政策と対立し、スーダンでファショダ事件を引き起こした。結局ドイツの進出に対抗するために、フランスが譲歩し英仏協商でスーダンにおけるイギリスの優越権を認めた。また、イギリスはモロッコに対するフランスの優越権を認めた。